機械制造及自動化系由原機械設計及控制（機床）、機械制造工藝及自動化（工藝）、切削與控制（刀具）等3個教研室合并而成，是機械制造及其自動化學科的主要載體。該學科是國内最早建立的同類學科之一，也是全國首批碩士點和博士點、博士後流動站、首批國家重點學科和首批國家重點學科設崗單位特聘教授設崗單位，同時又是國家“985工程”和“211工程”重點建設學科。機械制造及自動化系是國家級機械工程實驗教學示範中心、國防科技工業超精密機械加工技術研究應用中心、黑龍江省超精密與特種加工重點實驗室等教學、科研基地的主要依托單位。2008年，入選教育部“超精密加工與測量技術”創新團隊；2017年，被授予“立德樹人先進集體”稱号；2019年，入選黑龍江省“超精密加工與微納制造創新研究團隊”頭雁計劃，2021年，被授予“伟德BETVlCTOR1946先進基層黨組織”稱号。

機械制造及自動化系擁有一支結構合理、理論基礎紮實、勇于創新的教學和科研師資隊伍，現有教職工近40名，其中教授、研究員23名，副教授、副研究員12人，博士生導師23人，碩士生導師33人，教師博士化率達80%。現有“國家級高層次人才”3人、“國家級高層次青年人才”3人、教育部跨（新）世紀人才計劃入選者2人、國家優青獲得者1人、中國科協“青年人才托舉工程”項目入選者2人，黑龍江省優青獲得者3人。全國優秀教師稱号獲得者1人、首屆全國教材建設先進個人稱号獲得者1人、黑龍江省教學名師1人、黑龍江省高校師德先進個人1人，校級教學貢獻獎獲得者1人、教學優秀獎獲得者4人。